Projets soutenus

Les virus évoluent rapidement et l’analyse des mutations dans les leurs génomes permet de mieux comprendre les épidémies qu’ils causent. C’est l’objet de la phylodynamique, domaine en pointe dans l’étude des émergences ou, récemment, de la pandémie de COVID. Une des limites de ces méthodes est qu’elles reposent sur le calcul de phylogénies, sortes d’arbre généalogique des infections. Nous proposons une approche nouvelle estimant les paramètres épidémiologique directement depuis les séquences génétiques virales. Ceci s’appuie sur des algorithmes d’apprentissage profond développés ces dernières années et particulièrement adaptés. Nos méthodes seront validées à l’aide de données simulées et de données cliniques de dépistage sur les infections respiratoires. Cette amélioration de la surveillance permettra une réponse rapide et ciblée aux épidémies émergentes.