Plateau de dissociation, phénotypage et tri par cytométrie en flux pour des applications de génomique ‘cellule unique’ en santé animale et humaine: UNICELL
Coordinator :
Claudia BEVILACQUA
DIM Axes :
Financement :
MACSQuant Tyto Cell Sorter, MACSQuant Tyto Extended Warranty, MACSQuant Analyzer 16, Buffer Supply Station – 20 L Bottle MACSQuant 16 Extended Warranty, gentleMACS Octo Dissociator
Le laboratoire de biologie animale de l’ANSES et la plateforme @BRIDGe s’associent pour mettre en place un plateau de dissociation, phénotypage et tri de cellules viables à partir de tissus solides ou biopsies liquides et d’agents pathogènes en amont des analyses à l’échelle de la cellule unique (microgénomique) pour des applications en santé animale et humaine.
L’évolution de la demande d’analyse génomique à l’échelle de la cellule unique est en plein essor. Notamment l’analyse du transcriptome peut maintenant être utilisée pour une caractérisation fine des sous-populations cellulaires, comme cela a pu être montré dans le cas des différents types de cellules lymphocytaires. La proximité d’un équipement de tri respectant la viabilité des cellules est un atout critique pour améliorer l’efficacité des projets, notamment pour faciliter la mise au point des préparations cellulaires en préalable à l’isolement et à la caractérisation des cellules d’intérêt (eucaryotes ou procaryotes) sans provoquer des modifications « techniques » de leur génome, et en particulier, du transcriptome. Nous avons choisi un équipement nouveau qui présente trois avantages majeurs par rapport à l’offre actuellement présente dans le périmètre Paris-Saclay : moindre pression appliquée sur les cellules lors du tri pour garantir leur viabilité, réalisation du tri dans une cassette stérile et hermétique permettant l’analyse de cellules infectées ou d’agents pathogènes sans risque de contamination, équipement facile à utiliser pour des utilisateurs formés. Les équipements seront installés dans un laboratoire L2 permettant de manipuler des échantillons avec un risque biologique associé (échantillons infectés par des pathogènes jusqu’à un niveau P2, d’origine humaine ou génétiquement modifiés). Le principal objectif de la cytométrie en flux multicolore est le phénotypage, et c’est pourquoi l’acquisition d’un analyseur et d’un trieur de cellules basé sur cette méthodologie est une réelle nécessité afin de poursuivre le développement de modèles rapides, sensibles et spécifiques pour le diagnostic, la caractérisation des maladies infectieuses, le développement de traitements et de vaccins. L’intégration de ce plateau de dissociation, phénotypage et tri complétera la stratégie de biologie intégrative développée par la plateforme @BRIDGe, allant du tissu à la molécule. Conjuguer les capacités de préparation de cellules viables ou de noyaux de bonne qualité à l’expertise de profilage moléculaire à l’échelle microgénomique nous permettra de créer une plateforme unique pour l’étude des processus cellulaires en santé animale et humaine.