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Le séquençage à haut débit (next-generation sequencing, NGS) a été une vraie révolution dans le domaine de la génétique et, plus récemment, en oncologie, tant pour la progression des connaissances scientifiques que sur le plan médical. Dans le domaine des maladies infectieuses, l’exploitation de ces technologies est encore peu avancée, mais elle présente un potentiel au moins aussi intéressant que pour les autres disciplines. La plateforme de séquençage à haut débit du site Henri Mondor a développé une technologie de métagénomique unique, seule accréditée au monde pour le diagnostic médical, permettant d’explorer les maladies infectieuses, y compris les plus complexes. Avec ces technologies, l’équipe porteuse du projet a pu identifier et caractériser de nombreux pathogènes connus ou inconnus, et en décrire le génome complet, la virulence ou la résistance. Plus récemment, la génération concomitante des données de génomique microbienne et de transcriptomique humaine par métagénomique a permis de mieux comprendre la part respective du virus et de l’hôte dans la sévérité de la maladie Covid-19 et de proposer de nouvelles pistes thérapeutiques. Cependant, les moyens de production des données de séquence sont actuellement limités sur notre plateforme par les performances des séquenceurs à disposition, qu’il s’agisse du nombre d’échantillons analysables ou de la sensibilité qui peut être atteinte. Le présent projet vise à obtenir un co-financement pour l’acquisition d’un NovaSeq6000, séquenceur actuellement le plus puissant au monde et parfaitement adapté aux objectifs attendus.